انساني وسيلن جو مرڪز
نيٽ ميڊ | ڪولوريڪٽل ڪينسر جي مربوط ٽيومر، مدافعتي ۽ مائڪروبيل منظرنامي جي نقشي سازي لاءِ هڪ ملٽي اومڪس طريقو مائڪروبيوم جي مدافعتي نظام سان رابطي کي ظاهر ڪري ٿو.
جيتوڻيڪ تازن سالن ۾ پرائمري ڪولن ڪينسر لاءِ بايو مارڪرز جو وڏي پيماني تي مطالعو ڪيو ويو آهي، موجوده ڪلينڪل هدايتون صرف ٽيومر-لمف نوڊ-ميٽاسٽاسس اسٽيجنگ ۽ ڊي اين اي ميچ ميچ مرمت (ايم ايم آر) خرابين يا مائڪرو سيٽلائيٽ عدم استحڪام (ايم ايس آءِ) جي ڳولا تي ڀاڙين ٿيون (معياري پيٿولوجي ٽيسٽنگ کان علاوه) علاج جي سفارشن کي طئي ڪرڻ لاءِ. محققن ڪينسر جينوم ائٽلس (TCGA) ڪولوريڪٽل ڪينسر ڪوهورٽ ۽ مريض جي بقا ۾ جين اظهار تي ٻڌل مدافعتي ردعمل، مائڪروبيل پروفائلز، ۽ ٽيومر اسٽروما جي وچ ۾ تعلق جي کوٽ کي نوٽ ڪيو آهي.
جيئن تحقيق اڳتي وڌي آهي، پرائمري ڪولوريڪٽل ڪينسر جون مقداري خاصيتون، جن ۾ ڪينسر جي سيلولر، مدافعتي، اسٽرومل، يا ڪينسر جي مائڪروبيل نوعيت شامل آهن، ڪلينڪل نتيجن سان خاص طور تي لاڳاپو رکندڙ هجڻ جي رپورٽ ڪئي وئي آهي، پر اڃا تائين محدود سمجھ آهي ته انهن جي رابطي مريض جي نتيجن کي ڪيئن متاثر ڪري ٿي.
فينوٽائپڪ پيچيدگي ۽ نتيجي جي وچ ۾ تعلق کي جانچڻ لاءِ، قطر ۾ سڊرا انسٽيٽيوٽ آف ميڊيڪل ريسرچ جي محققن جي هڪ ٽيم تازو هڪ مربوط اسڪور (mICRoScore) تيار ڪيو ۽ ان جي تصديق ڪئي جيڪا مائڪرو بائيوم خاصيتن ۽ مدافعتي رد ڪرڻ واري مستقل (ICR) کي گڏ ڪندي سٺي بقا جي شرح سان مريضن جي هڪ گروپ جي سڃاڻپ ڪري ٿي. ٽيم پرائمري ڪولوريڪٽل ڪينسر سان 348 مريضن مان تازي منجمد نمونن جو هڪ جامع جينومڪ تجزيو ڪيو، جنهن ۾ ٽيومر جي آر اين اي سيڪوئنسنگ ۽ ملندڙ صحتمند ڪولوريڪٽل ٽشو، سڄو ايڪسوم سيڪوئنسنگ، ڊيپ ٽي-سيل ريسيپٽر ۽ 16S بيڪٽيريل آر آر اين اي جين سيڪوئنسنگ شامل آهن، مائڪرو بائيوم کي وڌيڪ خاصيت ڏيڻ لاءِ پوري ٽومر جينوم سيڪوئنسنگ سان گڏ. اهو مطالعو نيچر ميڊيسن ۾ "ڪولن ڪينسر جو هڪ مربوط ٽيومر، مدافعتي ۽ مائڪرو بائيوم اٽلس" جي طور تي شايع ڪيو ويو.
نيچر ميڊيسن ۾ شايع ٿيل مضمون
AC-ICAM جو جائزو
محققن هڪ آرٿوگونل جينومڪ پليٽ فارم استعمال ڪيو ته جيئن تازي منجمد ٽيومر جي نمونن جو تجزيو ڪيو وڃي ۽ سسٽماتي علاج کان سواءِ ڪولن ڪينسر جي هسٽولوجڪ تشخيص وارن مريضن کان ويجهي صحتمند ڪولن ٽشو (ٽومر-نارمل جوڙا) سان ملايو وڃي. پوري-ايڪسوم سيڪوئنسنگ (WES)، RNA-seq ڊيٽا ڪوالٽي ڪنٽرول، ۽ شموليت جي معيار جي اسڪريننگ جي بنياد تي، 348 مريضن مان جينومڪ ڊيٽا برقرار رکيو ويو ۽ 4.6 سالن جي وچين فالو اپ سان ڊائون اسٽريم تجزيي لاءِ استعمال ڪيو ويو. ريسرچ ٽيم هن وسيلن کي Sidra-LUMC AC-ICAM جو نالو ڏنو: مدافعتي-ڪينسر-مائڪروبائيوم رابطي لاءِ هڪ نقشو ۽ گائيڊ (شڪل 1).
ICR استعمال ڪندي ماليڪيولر درجه بندي
مسلسل ڪينسر اميونوسرويلنس لاءِ مدافعتي جينياتي نشانن جي هڪ ماڊيولر سيٽ کي پڪڙيندي، جنهن کي اميون ڪانسٽنٽ آف ريجيڪشن (ICR) سڏيو ويندو آهي، ريسرچ ٽيم ICR کي 20-جين پينل ۾ ڪنڊينس ڪندي بهتر بڻايو جيڪو مختلف ڪينسر جي قسمن کي ڍڪيندو آهي، جن ۾ ميلانوما، مثاني جو ڪينسر، ۽ بريسٽ ڪينسر شامل آهن. ICR کي مختلف ڪينسر جي قسمن ۾ اميونوٿراپي جي جواب سان پڻ لاڳاپيل ڪيو ويو آهي، جنهن ۾ بريسٽ ڪينسر شامل آهي.
پهرين، محققن AC-ICAM ڪوهورٽ جي ICR دستخط جي تصديق ڪئي، ICR جين تي ٻڌل ڪو-ڪلاسفڪيشن اپروچ استعمال ڪندي ڪوهورٽ کي ٽن ڪلسٽرن/مدافعتي ذيلي قسمن ۾ درجه بندي ڪرڻ لاءِ: هاءِ ICR (گرم ٽاميون)، وچولي ICR ۽ گهٽ ICR (ٿڌي ٽاميون) (شڪل 1b). محققن اتفاق راءِ ماليڪيولر ذيلي قسمن (CMS) سان لاڳاپيل مدافعتي رجحان کي بيان ڪيو، جيڪو ڪولن ڪينسر جي ٽرانسڪرپٽوم تي ٻڌل درجه بندي آهي. CMS زمرن ۾ CMS1/مدافعتي، CMS2/ڪينونيڪل، CMS3/ميٽابولڪ ۽ CMS4/ميسينچيمل شامل هئا. تجزيو ڏيکاريو ته ICR اسڪور سڀني CMS ذيلي قسمن ۾ ڪجهه ڪينسر سيل رستن سان منفي طور تي لاڳاپيل هئا، ۽ امونوسپريسي ۽ اسٽرومل سان لاڳاپيل رستن سان مثبت لاڳاپا صرف CMS4 ٽاميون ۾ ڏٺا ويا.
سڀني سي ايم ايس ۾، قدرتي قاتل (اين ڪي) سيل ۽ ٽي سيل سبسيٽس جي گهڻائي آئي سي آر هاءِ اميون سب ٽائيپس ۾ سڀ کان وڌيڪ هئي، ٻين ليوڪوائيٽ سب سيٽس ۾ وڌيڪ تبديلي سان (شڪل 1 سي). آئي سي آر مدافعتي سب ٽائيپس ۾ مختلف او ايس ۽ پي ايف ايس هئا، آئي سي آر ۾ گهٽ کان هاءِ تائين ترقي پسند واڌ سان (شڪل 1 ڊي)، ڪولوريڪٽل ڪينسر ۾ آئي سي آر جي اڳڪٿي ڪردار جي تصديق ڪندي.
شڪل 1. AC-ICAM مطالعي جي ڊيزائن، مدافعتي سان لاڳاپيل جين دستخط، مدافعتي ۽ ماليڪيولر ذيلي قسم ۽ بقا.
آئي سي آر ٽيومر سان مالا مال، ڪلونلي ايمپليفائيڊ ٽي سيلز کي پڪڙي ٿو
صرف ٿورڙن ٽي سيلز ۾ داخل ٿيندڙ ٽي سيلز جي هڪ اقليت کي ٽيومر اينٽيجنز لاءِ مخصوص هجڻ جي رپورٽ ڪئي وئي آهي (10٪ کان گهٽ). تنهن ڪري، انٽرا-ٽيومر ٽي سيلز جي اڪثريت کي بائي اسٽينڊر ٽي سيلز (بائي اسٽينڊر ٽي سيلز) سڏيو ويندو آهي. پيداواري ٽي سي آرز سان روايتي ٽي سيلز جي تعداد سان مضبوط ترين لاڳاپو اسٽرومل سيل ۽ ليوڪوائيٽ سب پاپوليشنز (آر اين اي-سيڪ پاران معلوم ڪيو ويو) ۾ ڏٺو ويو، جيڪو ٽي سيل سب پاپوليشنز (شڪل 2a) جو اندازو لڳائڻ لاءِ استعمال ڪري سگهجي ٿو. ICR ڪلسٽرز (مجموعي طور تي ۽ CMS درجه بندي) ۾، ICR-هاءِ ۽ CMS سب ٽائيپ CMS1/مدافعتي گروپن (شڪل 2c) ۾ مدافعتي SEQ TCRs جي سڀ کان وڌيڪ ڪلونلٽي ڏٺي وئي، ICR-هاءِ ٽيومر جي سڀ کان وڌيڪ تناسب سان. پوري ٽرانسڪرپٽوم (18,270 جينز) کي استعمال ڪندي، ڇهه ICR جينز (IFNG، STAT1، IRF1، CCL5، GZMA، ۽ CXCL10) مٿين ڏهن جينز مان هئا جيڪي مثبت طور تي TCR مدافعتي SEQ ڪلونالٽي سان لاڳاپيل هئا (شڪل 2d). ImmunoSEQ TCR ڪلونالٽي ٽيومر-جوابدار CD8+ مارڪرز (شڪل 2f ۽ 2g) استعمال ڪندي مشاهدو ڪيل لاڳاپن جي ڀيٽ ۾ گھڻن ICR جينز سان وڌيڪ مضبوطي سان لاڳاپيل هئي. نتيجي ۾، مٿي ڏنل تجزيو اهو ظاهر ڪري ٿو ته ICR دستخط ٽيومر سان مالا مال، ڪلونلي طور تي ايمپليفائيڊ ٽي سيلز جي موجودگي کي پڪڙي ٿو ۽ ان جي اڳڪٿي جي اثرن جي وضاحت ڪري سگهي ٿو.
شڪل 2. ٽي سي آر ميٽرڪس ۽ مدافعتي سان لاڳاپيل جينز، مدافعتي ۽ ماليڪيولر ذيلي قسمن سان لاڳاپو.
صحتمند ۽ ڪولن جي ڪينسر جي بافتن ۾ مائڪروبيوم جي جوڙجڪ
محققن 246 مريضن مان ملندڙ ٽيومر ۽ صحتمند ڪولن ٽشو مان نڪتل ڊي اين اي استعمال ڪندي 16S rRNA ترتيب ڏني (شڪل 3a). تصديق لاءِ، محققن اضافي طور تي 42 ٽومر نمونن مان 16S rRNA جين ترتيب ڊيٽا جو تجزيو ڪيو جيڪي تجزيي لاءِ دستياب عام ڊي اين اي سان ملندڙ نه هئا. پهرين، محققن ملندڙ ٽيومر ۽ صحتمند ڪولن ٽشو جي وچ ۾ نباتات جي نسبتي ڪثرت جو مقابلو ڪيو. صحتمند نمونن جي مقابلي ۾ ٽيومر ۾ ڪلسٽريڊيم پرفرينجنز کي خاص طور تي وڌايو ويو (شڪل 3a-3d). ٽيومر ۽ صحتمند نمونن جي وچ ۾ الفا تنوع (هڪ نموني ۾ نسلن جي تنوع ۽ ڪثرت) ۾ ڪو خاص فرق نه هو، ۽ ICR-گهٽ ٽومر جي مقابلي ۾ ICR-هاءِ ٽومر ۾ مائڪروبيل تنوع ۾ معمولي گهٽتائي ڏٺي وئي.
مائڪروبيل پروفائلز ۽ ڪلينڪل نتيجن جي وچ ۾ ڪلينڪ طور تي لاڳاپيل ايسوسيئيشن کي ڳولڻ لاءِ، محققن جو مقصد 16S rRNA جين سيڪوئنسنگ ڊيٽا استعمال ڪرڻ هو ته جيئن مائڪروبيوم خاصيتن جي سڃاڻپ ڪري سگهجي جيڪي بقا جي اڳڪٿي ڪن ٿا. AC-ICAM246 تي، محققن هڪ OS Cox ريگريشن ماڊل هلايو جنهن 41 خاصيتون غير صفر ڪوفيشينٽس (تفرقي موت جي خطري سان لاڳاپيل) سان چونڊيو، جنهن کي MBR ڪلاسيفائر سڏيو ويندو آهي (شڪل 3f).
هن تربيتي ڪوهورٽ (ICAM246) ۾، گهٽ MBR اسڪور (MBR<0، گهٽ MBR) موت جي گهٽ خطري (85٪) سان لاڳاپيل هو. محققن ٻن آزاد طور تي تصديق ٿيل ڪوهورٽ (ICAM42 ۽ TCGA-COAD) ۾ گهٽ MBR (خطرو) ۽ ڊگهي OS جي وچ ۾ ايسوسيئيشن جي تصديق ڪئي. (شڪل 3) مطالعي اينڊوگيسٽرڪ ڪوڪي ۽ MBR اسڪور جي وچ ۾ هڪ مضبوط لاڳاپو ڏيکاريو، جيڪي ٽيومر ۽ صحتمند ڪولن ٽشو ۾ هڪجهڙا هئا.
شڪل 3. ٽيومر ۽ صحتمند ٽشوز ۾ مائڪروبيوم ۽ ICR ۽ مريض جي بقا سان تعلق.
ٿڪل
هن مطالعي ۾ استعمال ٿيندڙ ملٽي اومڪس اپروچ ڪولوريڪٽل ڪينسر ۾ مدافعتي ردعمل جي ماليڪيولر دستخط جي مڪمل ڳولا ۽ تجزيو کي قابل بڻائي ٿو ۽ مائڪرو بائيوم ۽ مدافعتي نظام جي وچ ۾ رابطي کي ظاهر ڪري ٿو. ٽيومر ۽ صحتمند ٽشوز جي ڊيپ ٽي سي آر ترتيب ظاهر ڪيو ته آئي سي آر جو پيشنگوئي اثر شايد ٽيومر سان مالا مال ۽ ممڪن طور تي ٽيومر اينٽيجن مخصوص ٽي سيل ڪلون کي پڪڙڻ جي صلاحيت جي ڪري هجي.
AC-ICAM نمونن ۾ 16S rRNA جين سيڪوئنسنگ استعمال ڪندي ٽيومر مائڪرو بايوم جي جوڙجڪ جو تجزيو ڪندي، ٽيم هڪ مائڪرو بايوم دستخط (MBR خطري جو اسڪور) جي سڃاڻپ ڪئي جنهن ۾ مضبوط پيشنگوئي قدر هئي. جيتوڻيڪ هي دستخط ٽيومر جي نمونن مان حاصل ڪيو ويو هو، پر صحتمند ڪولوريڪٽم ۽ ٽيومر MBR خطري جو اسڪور جي وچ ۾ هڪ مضبوط تعلق هو، جنهن مان اهو ظاهر ٿئي ٿو ته هي دستخط مريضن جي گٽ مائڪرو بايوم جي جوڙجڪ کي پڪڙي سگهي ٿو. ICR ۽ MBR اسڪور کي گڏ ڪندي، هڪ ملٽي اومڪ شاگرد بايو مارڪر جي سڃاڻپ ۽ تصديق ڪرڻ ممڪن هو جيڪو ڪولن ڪينسر جي مريضن ۾ بقا جي اڳڪٿي ڪري ٿو. مطالعي جو ملٽي اومڪ ڊيٽا سيٽ ڪولن ڪينسر جي حياتيات کي بهتر سمجهڻ ۽ ذاتي علاج جي طريقن کي ڳولڻ ۾ مدد لاءِ هڪ وسيلو فراهم ڪري ٿو.
پوسٽ جو وقت: جون-15-2023
رازداري سيٽنگون