نيٽ ميڊ | مربوط ٽيمر جي نقشي سازي لاء هڪ گھڻ-آمڪس جو طريقو

نيٽ ميڊ | ڪولوريڪٽل ڪينسر جي مربوط ٽيمر، مدافعتي ۽ مائڪروبيل لينڊ اسڪيپ جي نقشي سازي لاءِ ملٽي اومڪس جو طريقو مدافعتي نظام سان مائڪروبيوم جي رابطي کي ظاهر ڪري ٿو.
جيتوڻيڪ پرائمري ڪولن جي ڪينسر لاءِ بائيو مارڪرز کي تازو سالن ۾ وسيع اڀياس ڪيو ويو آهي، موجوده ڪلينڪل هدايتون صرف ٽمور-لفف نوڊ-ميٽاساسس اسٽيجنگ ۽ ڊي اين اي جي ميلاپ جي مرمت (ايم ايم آر) جي خرابين يا مائڪرو سيٽلائيٽ عدم استحڪام (MSI) (معياري پيٽولوجي جاچ جي اضافي ۾) تي ڀاڙين ٿيون. ) علاج جي سفارشن کي طئي ڪرڻ لاء. محقق جين ايڪسپريس جي بنياد تي مدافعتي ردعمل، مائڪروبيل پروفائلز، ۽ ڪينسر جينوم ائٽلس (TCGA) ڪولوريٽيڪل ڪينسر ڪوهورٽ ۽ مريض جي بقا ۾ ٽومر اسٽروما جي وچ ۾ ايسوسيئيشن جي کوٽ کي نوٽ ڪيو آهي.

جيئن ته تحقيق ترقي ڪئي آهي، پرائمري ڪولوريڪٽل ڪينسر جي مقداري خاصيتون، جن ۾ ڪينسر جي سيلولر، مدافعتي، اسٽرومل، يا ڪينسر جي مائڪروبيل فطرت شامل آهن، ٻڌايو ويو آهي ته خاص طور تي ڪلينڪ جي نتيجن سان لاڳاپو، پر اڃا تائين محدود ڄاڻ آهي ته ڪيئن انهن جي رابطي سان مريضن جي نتيجن تي اثر انداز ٿئي ٿو. .
فينوٽائپڪ پيچيدگي ۽ نتيجن جي وچ ۾ لاڳاپن کي الڳ ڪرڻ لاء، قطر ۾ سدرا انسٽيٽيوٽ آف ميڊيڪل ريسرچ جي محققن جي هڪ ٽيم تازو هڪ مربوط سکور (مائڪرو اسڪور) تيار ڪيو ۽ تصديق ڪئي آهي جيڪا مريضن جي هڪ گروپ کي سڃاڻي ٿي سٺي بقا جي شرح سان گڏ مائڪروبيوم خاصيتن ۽ مدافعتي رد عمل کي گڏ ڪندي. مستقل (ICR). ٽيم 348 مريضن کان تازو منجمد نمونن جو هڪ جامع جينومڪ تجزيو ڪيو جنهن ۾ بنيادي ڪولوريڪٽل ڪينسر شامل آهن، جن ۾ آر اين اي سيڪوئنسنگ آف ٽيومر ۽ ملائي صحتمند ڪولوريڪٽل ٽشوز، پوري ايڪسوم سيڪيوئنسنگ، ڊيپ ٽي سيل ريسيپٽر ۽ 16S بيڪٽيريل آر آر اين اي جين سيڪيوئنسنگ، مڪمل طور تي ٽيومر جي ترتيب سان. جينوم جي ترتيب کي وڌيڪ خاصيت ڏيڻ لاء microbiome. اهو مطالعو نيچر ميڊيسن ۾ شايع ڪيو ويو ”ڪولن جي ڪينسر جو هڪ مربوط ٽومر، مدافعتي ۽ مائڪروبيوم ائٽلس“.

مضمون ۾ شايع ٿيل فطرت دوائون

AC-ICAM جو جائزو

محقق هڪ آرٿوگونل جينومڪ پليٽ فارم استعمال ڪيو تازو منجمد ٽامي نموني جو تجزيو ڪرڻ لاءِ ۽ ملائي ويجهن صحتمند ڪولن ٽشوز (ٽيومر-عام جوڙو) مريضن مان کولن جي ڪينسر جي هسٽولوجڪ تشخيص سان سسٽماتي علاج کان سواءِ. مڪمل-ايڪسوم تسلسل (WES) جي بنياد تي، RNA-seq ڊيٽا جي معيار تي ڪنٽرول، ۽ شامل ڪرڻ جي معيار جي اسڪريننگ، 348 مريضن جي جينوميڪ ڊيٽا کي برقرار رکيو ويو ۽ 4.6 سالن جي وچين فالو اپ سان هيٺيون وهڪرو تجزيو لاء استعمال ڪيو ويو. تحقيقي ٽيم هن وسيلا جو نالو رکيو آهي Sidra-LUMC AC-ICAM: هڪ نقشو ۽ رهنمائي ڪرڻ وارو مدافعتي-ڪينسر-مائڪروبيوم جي وچ ۾ رابطي لاءِ (شڪل 1).

ICR استعمال ڪندي ماليڪيولر درجه بندي

مسلسل ڪينسر جي مدافعتي جينياتي نشانن جي هڪ ماڊلر سيٽ کي پڪڙڻ، جنهن کي رد ڪرڻ جي مدافعتي مستقل (ICR) سڏيو ويندو آهي، تحقيقاتي ٽيم ICR کي بهتر ڪيو ان کي 20-جين پينل ۾ شامل ڪري مختلف ڪينسر جي قسمن کي ڍڪيندي، جن ۾ ميلانوما، مثاني جو ڪينسر، ۽ چھاتی جي ڪينسر. آئي سي آر پڻ ڪينسر جي مختلف قسمن ۾ امونٿراپي جي ردعمل سان لاڳاپيل آهي، بشمول سينو سرطان.

پهريون، محققن AC-ICAM ڪوهورٽ جي ICR دستخط جي تصديق ڪئي، هڪ ICR جين تي ٻڌل ڪو-درجه بندي واري طريقي کي استعمال ڪندي ڪوهورٽ کي ٽن ڪلسٽرز / مدافعتي ذيلي قسمن ۾ ورهايو: اعلي ICR (گرم ٽومر)، وچولي ICR ۽ گهٽ ICR (ٿڌي. tumors) (شڪل 1b). محقق ڪنسنسس ماليڪيولر ذيلي قسم (سي ايم ايس) سان لاڳاپيل مدافعتي جذبي جي خصوصيت ڪئي، ڪولن جي ڪينسر جي هڪ ٽرانسڪروم تي ٻڌل درجه بندي. CMS زمرا شامل آهن CMS1/immune، CMS2/canonical، CMS3/metabolic ۽ CMS4/mesenchymal. تجزيي ڏيکاري ٿي ته ICR اسڪينڊل سڀني CMS ذيلي قسمن ۾ ڪجهه ڪينسر جي سيل جي رستن سان منفي طور تي لاڳاپا هئا، ۽ امونسوپيپريسي ۽ اسٽرومل سان لاڳاپيل رستن سان مثبت لاڳاپا صرف CMS4 ٽيمن ۾ مشاهدو ڪيا ويا.

سڀني سي ايم ايس ۾، قدرتي قاتل (NK) سيل ۽ ٽي سيل سبسٽس جي گهڻائي آئي سي آر جي اعلي مدافعتي ذيلي قسمن ۾ سڀ کان وڌيڪ هئي، ٻين ليوڪوائيٽ سبسٽس ۾ وڏي تبديلي سان (شڪل 1c). ICR مدافعتي ذيلي قسمون مختلف او ايس ۽ پي ايف ايس هئا، ترقي پسند اضافو سان. ICR ۾ گھٽ کان مٿاھين تائين (شڪل 1d)، ICR جي پروگنوسٽڪ ڪردار جي تصديق ڪندي Colorectal ڪينسر.

شڪل 1. AC-ICAM مطالعي جي ڊيزائن، مدافعتي سان لاڳاپيل جين دستخط، مدافعتي ۽ ماليڪيولر ذيلي قسم ۽ بقا.
آئي سي آر تي قبضو ڪري ٿو ٽيمر سان ڀريل، ڪلونل طور تي وڌايل ٽي سيلز
ٽي سيلز جي صرف هڪ اقليت کي ٻڌايو ويو آهي ته ٽيومر ٽائيس ۾ ڦهليل آهي خاص طور تي ٽيومر اينٽيجنز (10٪ کان گهٽ). تنهن ڪري، اڪثريت جي اندرا-ٽيومر ٽي سيلز جي طور تي حوالو ڏنو ويو آهي بي اسٽينڊر ٽي سيلز (بائي اسٽينڊر ٽي سيلز). پيداواري TCRs سان روايتي ٽي سيلز جي تعداد سان مضبوط لاڳاپو stromal سيل ۽ leukocyte subpopulations (RNA-seq پاران معلوم ٿيل) ۾ ڏٺو ويو، جيڪو استعمال ڪري سگھجي ٿو T cell subpopulations جو اندازو لڳائڻ (Figure 2a). ICR ڪلسٽرز ۾ (مجموعي طور تي ۽ CMS درجي بندي)، ICR-high ۽ CMS ذيلي قسم CMS1 / مدافعتي گروپن (Figure 2c) ۾ مدافعتي SEQ TCRs جي سڀ کان وڌيڪ ڪلونٽي ڏٺو ويو، ICR-high tumors جي بلند ترين تناسب سان. پوري ٽرانسڪرپٽوم (18,270 جينز) کي استعمال ڪندي، ڇهه ICR جينز (IFNG، STAT1، IRF1، CCL5، GZMA، ۽ CXCL10) مٿين ڏهن جينز مان هئا جيڪي مثبت طور تي TCR مدافعتي SEQ ڪلونٽي سان لاڳاپيل آهن (شڪل 2d). ImmunoSEQ TCR ڪلونلٽي وڌيڪ مضبوطي سان لاڳاپو رکي ٿو اڪثر ICR جينز سان تعلق رکندڙ تعلقن جي ڀيٽ ۾ جيڪو tumor-responsive CD8+ مارڪر استعمال ڪندي ڏٺو ويو آهي (شڪل 2f ۽ 2g). آخر ۾، مٿي ڏنل تجزيي مان معلوم ٿئي ٿو ته آئي سي آر جي دستخط تي قبضو ڪري ٿو ٽيومر جي افزودگي جي موجودگي، ڪلون طور تي وڌايو ويو ٽي سيلز ۽ ان جي پروگنوسٽڪ اثرات جي وضاحت ڪري سگھي ٿي.

شڪل 2. TCR ميٽرڪس ۽ لاڳاپو مدافعتي سان لاڳاپيل جين، مدافعتي ۽ ماليڪيول ذيلي قسم سان.
صحتمند ۽ ڪولن جي ڪينسر جي بافتن ۾ مائڪروبيوم جو ٺهيل
محققن 16S rRNA جي ترتيب کي استعمال ڪندي ڊي اين اي کي استعمال ڪيو جيڪو 246 مريضن مان مليل ٽامي ۽ صحتمند کولن ٽشو (شڪل 3a). تصديق جي لاءِ، محققن اضافي طور تي 16S rRNA جين ترتيب ڏيڻ واري ڊيٽا جو تجزيو ڪيو اضافي 42 طومار جي نمونن مان جيڪي تجزيي لاءِ موجود عام ڊي اين اي سان نه مليا. پهريون، محقق ملندڙ ٽامي ۽ صحتمند کولن ٽشو جي وچ ۾ فلورا جي لاڳاپي جي گهڻائي جو مقابلو ڪيو. ڪلستريڊيم پرفينگنس خاص طور تي ٽيمر ۾ صحتمند نموني جي مقابلي ۾ وڌي وئي هئي (شڪل 3a-3d). الفا تنوع ۾ ڪو خاص فرق نه هو (تنوع ۽ هڪ واحد نموني ۾ نسلن جي گهڻائي) ٽيمر ۽ صحتمند نموني جي وچ ۾، ۽ مائڪروبيل تنوع ۾ معمولي گهٽتائي آئي سي آر-هاء ٽيومر ۾ آئي سي آر-گهٽ ٽيومر سان لاڳاپيل هئي.
مائڪروبيل پروفائلز ۽ ڪلينڪل نتيجن جي وچ ۾ ڪلينڪ طور تي لاڳاپيل انجمن کي ڳولڻ لاء، محقق جو مقصد 16S rRNA جين جي ترتيب واري ڊيٽا کي استعمال ڪرڻ لاء مائڪروبيوم خاصيتن جي سڃاڻپ ڪرڻ لاء جيڪي بقا جي اڳڪٿي ڪن ٿا. AC-ICAM246 تي، محقق هڪ OS Cox ريگريشن ماڊل هلائي ٿو جنهن ۾ 41 فيچرز چونڊيا ويا آهن جن سان غير صفر ڪوئفينٽس (تفريقي موت جي خطري سان لاڳاپيل)، جنهن کي MBR درجه بندي (Figure 3f) سڏيو ويندو آهي.
ھن ٽريننگ ڪوھورٽ (ICAM246) ۾، ھڪڙو گھٽ MBR سکور (MBR <0، گھٽ MBR) موت جي گھٽ خطري سان لاڳاپيل ھو (85٪). محقق ٻن آزاد طور تي تصديق ٿيل همراهن (ICAM42 ۽ TCGA-COAD) ۾ گهٽ ايم بي آر (خطر) ۽ ڊگھي او ايس جي وچ ۾ ايسوسيئيشن جي تصديق ڪئي. (تصوير 3) اڀياس ڏيکاريو هڪ مضبوط لاڳاپو endogastric cocci ۽ MBR سکور جي وچ ۾، جيڪي ٽمور ۽ صحتمند کولن ٽائيس ۾ ساڳيا هئا.

شڪل 3. ٽومر ۽ صحتمند بافتن ۾ مائڪروبيوم ۽ ICR ۽ مريض جي بقا سان تعلق.
نتيجو
هن مطالعي ۾ استعمال ٿيل ملٽي اومڪس جو طريقو ڪولوريڪٽل ڪينسر ۾ مدافعتي ردعمل جي ماليڪيولر دستخط جي مڪمل چڪاس ۽ تجزيو کي قابل بڻائي ٿو ۽ مائڪروبيوم ۽ مدافعتي نظام جي وچ ۾ رابطي کي ظاهر ڪري ٿو. ٽيومر ۽ صحتمند بافتن جي ڊيپ ٽي سي آر جي ترتيب ظاهر ڪئي وئي آهي ته ICR جو پروگنوسٽڪ اثر شايد ان جي ٽيمر جي افزودگي ۽ ممڪن طور تي ٽيومر اينٽيجن مخصوص ٽي سيل کلون کي پڪڙڻ جي صلاحيت جي ڪري ٿي سگهي ٿو.

AC-ICAM نموني ۾ 16S rRNA جين جي ترتيب کي استعمال ڪندي ٽيمر مائڪروبيوم جي جوڙجڪ جو تجزيو ڪندي، ٽيم مضبوط پروگنوسٽڪ قدر سان گڏ هڪ مائڪروبيوم دستخط (ايم بي آر خطري سکور) جي نشاندهي ڪئي. جيتوڻيڪ هي دستخط ٽامي جي نموني مان نڪتل هو، اتي صحتمند ڪولوريڪٽم ۽ ٽيمر ايم بي آر جي خطري جي سکور جي وچ ۾ هڪ مضبوط تعلق هو، اهو مشورو ڏئي ٿو ته هي دستخط مريضن جي گٽ مائڪروبيوم مرکب تي قبضو ڪري سگهي ٿو. ICR ۽ MBR سکور کي گڏ ڪرڻ سان، اهو ممڪن هو ته هڪ ملٽي اومڪ شاگرد بائيو مارڪر کي سڃاڻڻ ۽ ان جي تصديق ڪرڻ جيڪا ڪولن جي ڪينسر سان مريضن ۾ بقا جي اڳڪٿي ڪري ٿي. مطالعي جو ملٽي-آميڪ ڊيٽا سيٽ هڪ وسيلو مهيا ڪري ٿو جيڪو کولن ڪينسر جي حياتيات کي بهتر سمجهڻ ۽ ذاتي ٿيل علاج جي طريقن کي ڳولڻ ۾ مدد ڪري ٿو.

حوالو:
Roelands, J., Kuppen, PJK, Ahmed, EI et al. ڪولن جي ڪينسر جو هڪ مربوط ٽامي، مدافعتي ۽ مائڪروبيوم ائٽلس. نيٽ ميڊ 29، 1273-1286 (2023).